Lambang Institut Agama Islam Kotamobagu memiliki pengertian sebagaimana berikut :
- Kubah Masjid melambangkan seluruh aktivitas civitas Akademika tetap berorientasi pada meningkatnya keimanan, ketaqwaan, keislaman, dan keikhlasan.
- Padi dan kapas melambangkan kemakmuran;
- Gambar Bumi dan Peta Bolaang Mongondow Raya melambangkan akan menjadi kampus kebanggan BMR;
- Dua kitab yang terbuka melambangkan seluruh seluruh aktivitas Civitas Akademika senantiasa didasarkan kepada Al-qur’an dan al-Hadits.
- Warna hijau (kode gradasi #013C28) melambangkan kedamaian, pertumbuhan, kesejahteraan, dan berwawasan lingkungan;
- Warna kuning emas melambangkan kemuliaan dan kebesaran jiwa.
- Tulisan IAI Kotamobagu menunjukkan nama dan tempat kedudukan.